YV
Yana Valasatava
Thu, Mar 27, 2025 8:59 PM
We are pleased to announce new API features that will improve access to wwPDB validation reports data for structural models.
Users can now programmatically retrieve wwPDB validation reports data via Data API https://data.rcsb.org/ alongside structural model annotations. The reports provide critical quality metrics to assess structure quality. Users can now access overall quality summary, experimental data fit and completeness, and geometric validation (analysis of bond lengths, bond angles, and other stereochemical parameters) for X-ray https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%221CBS%22)%20%7B%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20attempted_validation_steps%0A%20%20%20%20%20%20ligands_for_buster_report%0A%20%20%20%20%20%20report_creation_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_diffraction%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20B_factor_type%0A%20%20%20%20%20%20Babinet_b%0A%20%20%20%20%20%20Babinet_k%0A%20%20%20%20%20%20DCC_R%0A%20%20%20%20%20%20DCC_Rfree%0A%20%20%20%20%20%20EDS_R%0A%20%20%20%20%20%20EDS_res_high%0A%20%20%20%20%20%20EDS_res_low%0A%20%20%20%20%20%20Fo_Fc_correlation%0A%20%20%20%20%20%20I_over_sigma%0A%20%20%20%20%20%20Padilla_Yeates_L_mean%0A%20%20%20%20%20%20Padilla_Yeates_L2_mean%0A%20%20%20%20%20%20Wilson_B_aniso%0A%20%20%20%20%20%20Wilson_B_estimate%0A%20%20%20%20%20%20acentric_outliers%0A%20%20%20%20%20%20bulk_solvent_b%0A%20%20%20%20%20%20bulk_solvent_k%0A%20%20%20%20%20%20centric_outliers%0A%20%20%20%20%20%20data_anisotropy%0A%20%20%20%20%20%20data_completeness%0A%20%20%20%20%20%20num_miller_indices%0A%20%20%20%20%20%20number_reflns_R_free%0A%20%20%20%20%20%20percent_RSRZ_outliers%0A%20%20%20%20%20%20percent_free_reflections%0A%20%20%20%20%20%20trans_NCS_details%0A%20%20%20%20%20%20twin_fraction%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_geometry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20clashscore%0A%20%20%20%20%20%20num_H_reduce%0A%20%20%20%20%20%20num_angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20percent_rotamer_outliers%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0A, NMR https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%227JIA%22)%20%7B%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20attempted_validation_steps%0A%20%20%20%20%20%20ligands_for_buster_report%0A%20%20%20%20%20%20report_creation_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_nmr%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20chemical_shift_completeness%0A%20%20%20%20%20%20chemical_shift_completeness_full_length%0A%20%20%20%20%20%20cyrange_number_of_domains%0A%20%20%20%20%20%20medoid_model%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_number_of_clusters%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_number_of_models%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_number_of_outliers%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_representative_model%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_geometry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_H_reduce%0A%20%20%20%20%20%20num_angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20percent_rotamer_outliers%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0A, and EM https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%229KAY%22)%20%7B%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20attempted_validation_steps%0A%20%20%20%20%20%20ligands_for_buster_report%0A%20%20%20%20%20%20report_creation_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_em%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20Q_score%0A%20%20%20%20%20%20atom_inclusion_backbone%0A%20%20%20%20%20%20atom_inclusion_all_atoms%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_pt_5%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_pt_333%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_pt_143%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_onebit%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_halfbit%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_threesigma%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_halfbit%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_onebit%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_pt_143%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_pt_333%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_pt_5%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_threesigma%0A%20%20%20%20%20%20contour_level_primary_map%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_geometry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_H_reduce%0A%20%20%20%20%20%20num_angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20percent_rotamer_outliers%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0A structures.
We have also enabled search capabilities for key geometry validation metrics, allowing users to filter structures based on Molprobity angles RMSZ, bonds RMSZ, clashscore, percentage Ramachandran outliers, and percentage rotamer outliers: example https://www.rcsb.org/search?request=%7B%22query%22%3A%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A0.4%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A0.3%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A3%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A1%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A1%7D%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%5D%2C%22label%22%3A%22text%22%7D%5D%7D%2C%22return_type%22%3A%22entry%22%2C%22request_options%22%3A%7B%22paginate%22%3A%7B%22start%22%3A0%2C%22rows%22%3A25%7D%2C%22results_content_type%22%3A%5B%22experimental%22%5D%2C%22sort%22%3A%5B%7B%22sort_by%22%3A%22score%22%2C%22direction%22%3A%22desc%22%7D%5D%2C%22scoring_strategy%22%3A%22combined%22%7D%2C%22request_info%22%3A%7B%22query_id%22%3A%221656bd2ae5ed7dfd396e4cbcf171b23b%22%7D%7D.
————————————————————
Yana Rose, Ph.D.
Scientific Software Developer & Project Manager
RCSB Protein Data Bank
University of California San Diego
10100 Hopkins Dr, La Jolla, CA 92093
We are pleased to announce new API features that will improve access to wwPDB validation reports data for structural models.
Users can now programmatically retrieve wwPDB validation reports data via Data API <https://data.rcsb.org/> alongside structural model annotations. The reports provide critical quality metrics to assess structure quality. Users can now access overall quality summary, experimental data fit and completeness, and geometric validation (analysis of bond lengths, bond angles, and other stereochemical parameters) for X-ray <https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%221CBS%22)%20%7B%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20attempted_validation_steps%0A%20%20%20%20%20%20ligands_for_buster_report%0A%20%20%20%20%20%20report_creation_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_diffraction%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20B_factor_type%0A%20%20%20%20%20%20Babinet_b%0A%20%20%20%20%20%20Babinet_k%0A%20%20%20%20%20%20DCC_R%0A%20%20%20%20%20%20DCC_Rfree%0A%20%20%20%20%20%20EDS_R%0A%20%20%20%20%20%20EDS_res_high%0A%20%20%20%20%20%20EDS_res_low%0A%20%20%20%20%20%20Fo_Fc_correlation%0A%20%20%20%20%20%20I_over_sigma%0A%20%20%20%20%20%20Padilla_Yeates_L_mean%0A%20%20%20%20%20%20Padilla_Yeates_L2_mean%0A%20%20%20%20%20%20Wilson_B_aniso%0A%20%20%20%20%20%20Wilson_B_estimate%0A%20%20%20%20%20%20acentric_outliers%0A%20%20%20%20%20%20bulk_solvent_b%0A%20%20%20%20%20%20bulk_solvent_k%0A%20%20%20%20%20%20centric_outliers%0A%20%20%20%20%20%20data_anisotropy%0A%20%20%20%20%20%20data_completeness%0A%20%20%20%20%20%20num_miller_indices%0A%20%20%20%20%20%20number_reflns_R_free%0A%20%20%20%20%20%20percent_RSRZ_outliers%0A%20%20%20%20%20%20percent_free_reflections%0A%20%20%20%20%20%20trans_NCS_details%0A%20%20%20%20%20%20twin_fraction%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_geometry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20clashscore%0A%20%20%20%20%20%20num_H_reduce%0A%20%20%20%20%20%20num_angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20percent_rotamer_outliers%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0A>, NMR <https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%227JIA%22)%20%7B%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20attempted_validation_steps%0A%20%20%20%20%20%20ligands_for_buster_report%0A%20%20%20%20%20%20report_creation_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_nmr%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20chemical_shift_completeness%0A%20%20%20%20%20%20chemical_shift_completeness_full_length%0A%20%20%20%20%20%20cyrange_number_of_domains%0A%20%20%20%20%20%20medoid_model%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_number_of_clusters%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_number_of_models%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_number_of_outliers%0A%20%20%20%20%20%20nmrclust_representative_model%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_geometry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_H_reduce%0A%20%20%20%20%20%20num_angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20percent_rotamer_outliers%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0A>, and EM <https://data.rcsb.org/graphql/index.html?query=%7B%0A%20%20entry(entry_id%3A%20%229KAY%22)%20%7B%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20attempted_validation_steps%0A%20%20%20%20%20%20ligands_for_buster_report%0A%20%20%20%20%20%20report_creation_date%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_em%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20Q_score%0A%20%20%20%20%20%20atom_inclusion_backbone%0A%20%20%20%20%20%20atom_inclusion_all_atoms%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_pt_5%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_pt_333%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_pt_143%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_onebit%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_halfbit%0A%20%20%20%20%20%20author_provided_fsc_resolution_by_cutoff_threesigma%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_halfbit%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_onebit%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_pt_143%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_pt_333%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_pt_5%0A%20%20%20%20%20%20calculated_fsc_resolution_by_cutoff_threesigma%0A%20%20%20%20%20%20contour_level_primary_map%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20pdbx_vrpt_summary_geometry%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_H_reduce%0A%20%20%20%20%20%20num_angles_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20num_bonds_RMSZ%0A%20%20%20%20%20%20percent_rotamer_outliers%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0A> structures.
We have also enabled search capabilities for key geometry validation metrics, allowing users to filter structures based on Molprobity angles RMSZ, bonds RMSZ, clashscore, percentage Ramachandran outliers, and percentage rotamer outliers: example <https://www.rcsb.org/search?request=%7B%22query%22%3A%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A0.4%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A0.3%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A3%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A1%7D%7D%2C%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22attribute%22%3A%22pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers%22%2C%22operator%22%3A%22less%22%2C%22negation%22%3Afalse%2C%22value%22%3A1%7D%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%5D%2C%22label%22%3A%22text%22%7D%5D%7D%2C%22return_type%22%3A%22entry%22%2C%22request_options%22%3A%7B%22paginate%22%3A%7B%22start%22%3A0%2C%22rows%22%3A25%7D%2C%22results_content_type%22%3A%5B%22experimental%22%5D%2C%22sort%22%3A%5B%7B%22sort_by%22%3A%22score%22%2C%22direction%22%3A%22desc%22%7D%5D%2C%22scoring_strategy%22%3A%22combined%22%7D%2C%22request_info%22%3A%7B%22query_id%22%3A%221656bd2ae5ed7dfd396e4cbcf171b23b%22%7D%7D>.
————————————————————
Yana Rose, Ph.D.
Scientific Software Developer & Project Manager
RCSB Protein Data Bank
University of California San Diego
10100 Hopkins Dr, La Jolla, CA 92093